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色譜柱是離子色譜儀的分離核心，色譜柱的性能決定了離子色譜儀的分析結果。因此在使用時需要注意色譜柱的使用方法，同時也需要了解色譜柱的常見故障與處理方法。
注意事項：
1.分析柱由填充有離子交換樹脂的分離柱和保護柱組成。保護柱可以吸附有可能污染分離柱的物質。開機前要檢查淋洗液與分離柱是否一致。
2.單通道色譜儀更換系統時，更換完保護柱、分離柱和抑制器后，先不要連接保護柱進口，開機沖洗流路，當用試紙檢驗流出液的pH值與分離柱要求一致時，方可擰緊保護柱進口接口。
3.當柱子和色譜儀聯結時，閥件或管路要清洗干凈，避免使用高粘度的溶劑作為流動相。要測定的實際樣品要經過預處理，每次分析工作結束后，要用空白水進樣清洗進樣閥中殘留的樣品，并旋松啟動閥、廢液閥，從啟動閥注人去離子水。
4.若分離柱長期不使用儲存時，讓淋洗液正常運行至少10 min，之后用死接頭將分離柱/保護柱兩端封堵存儲。
常見故障處理：
1.色譜柱污染處理
在選用樣品時盡量選用純化樣品，用流動相溶解樣品，減少色譜圖中的溶劑峰干擾，從而檢查樣品在流動相中的溶解，增長色譜柱使用壽命，提高分離效果。
2.色譜柱阻塞故障處理
如果樣品進樣后在流動相中沉淀，進樣器和柱頭容易造成堵塞，甚至樣品分解，數據處理時會出現鬼峰。出現樣品與流動相不溶時，應根據條件更換樣品溶劑從而改變溶解條件，或者改進樣晶純化處理的方法。
色譜柱發生堵塞，如果配有保護柱的，應先去掉保護柱進行分析,在進行反沖洗。如果故障無法排除，則色譜柱可能被強保留的污染物損壞，則考慮使用恰當的再生程序。如果進口陽塞，則需要更換入口處的篩板或者直接更換色譜柱。
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