基因芯片實驗外包
基因芯片的測序原理是雜交測序方法,即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法,在一塊基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探針。
利用雜交的原理,即DNA根據堿基配對原則,在常溫下和中性條件下形成雙鏈DNA分子,但在高溫、堿性或有機溶劑等條件下,雙螺旋之間的氫鍵斷裂,雙螺旋解開,形成單鏈分子(稱為DNA變性,DNA變性時的溫度稱Tm值)。變性的DNA黏度下降,沉降速度增加,浮力上升,紫外吸收增加。當消除變性條件后,變性DNA兩條互補鏈可以重新結合,恢復原來的雙螺旋結構,這一過程稱為復性。復性后的DNA,其理化性質能得到恢復。
利用DNA這一重要理化特性,將兩個以上不同來源的多核苷酸鏈之間由于互補性而使它們在復性過程中形成異源雜合分子的過程稱為雜交(hydridization)。雜交體中的分子不是來自同一個二聚體分子。由于溫度比其他變性方法更容易控制,當雙鏈的核酸在高于其變性溫度(Tm值)時,解螺旋成單鏈分子;當溫度降到低于Tm值時,單鏈分子根據堿基的配對原則再度復性成雙鏈分子。因此通常利用溫度的變化使DNA在變性和復性的過程中進行核酸雜交。
基因芯片實驗外包數據分析(以miRNA芯片分析為例)
標準分析
芯片預處理與標準化;
篩選差異表達microRNA;
microRNA聚類圖、火山圖以及熱圖等;
microRNA靶基因預測,基于多數據庫整合的靶基因預測以及上海豐核自主知識產權的預測軟件同時識別;
對預測的microRNA的靶基因進行GO富集分析通路富集分析等。
個性化分析
1.microRNA網絡分析:microRNA靶基因失調網絡;microNRA功能協同作用網絡。
2.microRNA與其他芯片整合分析:與lncRNAs芯片結果聯合分析(ceRNA Analysis);與mRNA芯片整合分析;與DNA甲基化芯片結果聯合分析。
3.與臨床數據整合分析
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